元素分析技術會遇到必須糾正或補償的干擾，以獲得足夠的分析結果。
在XRF光譜測定中，主要干擾來自物質中可能影響（矩陣效應）感興趣元素分析的其他特定元素。然而，這些干擾是眾所周知的并記錄在案；并且系統軟件中的儀器升級和數學校正可以輕松快速地糾正它們。
在某些情況下，樣品的幾何形狀可影響XRF分析，但是通過選擇最佳采樣面積，研磨或拋光樣品或通過壓制顆粒，可以很容易地進行補償。
定量元素分析
XRF光譜法使用經驗方法（使用與未知物質相似的標準品的校準曲線）或基本參數（FP）進行定量元素分析。
FP是優選的，因為它允許在沒有標準或校準曲線的情況下執行元素分析。這使得分析人員可以立即使用該系統，而無需花費額外的時間為感興趣的各種元素和材料設置單獨的校準曲線。